围绕“教学立校、科研强校、服务活校、特色兴校”理念,学校积极开展科学研究,不断提升服务地方经济社会发展能力。2006年以来,学校承担国家级科研项目83项,省部级课题209项;出版专著、教材590余部,其中在中央级出版社出版著作168部,出版教育部“十一五”规划教材16部;发表论文6785篇,其中在《中国科学》、《中国社会科学》、《经济研究》、《管理世界》、《教育研究》、Journal of Econometrics、American Statistician、Journal of Food Protection等权威期刊发表论文40篇,被《新华文摘》全文转载5篇,被SCI、EI、ISTP、ISSHP收录204篇;科研成果获省部级奖励70项,其中一等奖5项、二等奖19项;主办有《云南财经大学学报》和《云南财经大学学报·社会科学版》两种公开刊物和供领导参考的内部刊物《决策与咨询》。与国内高校、科研院所、企事业单位、省内各级地方政府等100多个单位建立了广泛的合作关系,建立了一批实质性的校际、校企合作项目及实践基地;422项科研服务社会项目,产出了一批高质量的科研社会服务成果,受到了地方政府和企事业单位的高度评价,部分成果成为各级政府制定政策直接依据。